В редакторе Intellij IDEA файлы не надо сохранять вручную. Вы просто вносите изменения, а программа сама сохраняет их, когда посчитает нужным. Это одна из фишек, которая бросается в глаза сразу.

Но когда именно файлы должны сохраняться? Помимо прочего, это происходит при переключении в другие окна, ведь, понятное дело, если я использую инструменты в терминале (тот же git), они должны мои изменения видеть. (Плагином для гита я не пользуюсь по разным причинам, в том числе потому что он для удобства скрытно делает некоторые прозрачные операции, которые изредко оказываются совсем не прозрачными).

Всё это прекрасно работает, когда я сижу за своим рабочим компьютером. Но иногда я работаю через VPN из дома, и у меня в браузере (да, прямо в Хроме) есть несколько вкладок: удалённый рабочий стол и несколько сессий SSH. В удалённом десктопе открыта Идея, в терминалах я запускаю тесты и git. И тут начинается: Идея-то не знает, что я в браузере на ноутбуке сейчас переключился в другую вкладку, поэтому мои изменения в коде не сохранены на диск. Я запускаю тесты и ломаю голову над тем, что в них происходит. Потом понимаю, что у меня ничего не сохранилось, иду в удалённый десктоп, нажимаю alt+tab, потом возвращаюсь в терминал, и там у меня всё работает как надо. Потом ещё несколько раздражающих переключений туда-обратно, и я снова забываю альт-табнуться из Идеи. Запускать терминал в удалённом десктопе мне не очень удобно.

В связи с этой же фишкой про сохранение Идею нельзя, в отличие от Эклипса, настроить на форматирование при сохранении. Можно сделать макрос, а я просто привык всё время нажимать хоткей для форматирования.